民國89年2月由省立改制為國立之後的校旗。

民國65年以後的校旗，取台灣省立清水高級中學的台、清、高、中四字，並結合勝利的V字型所構成的圖案，為本校陳昭雄老師所設計。

民國61至64年的校旗，以校門門柱為軸，結合水、中二字構成的圖案，為當時任本校教職的周義雄老師所設計。

民國50、60年的校旗。

已知最早的校旗。